【普賢王如來祈禱能顯自然智根本願文】密意深廣不可思議，功德殊勝難以量度。依『暫時上』的功德利益而言，此祈願文能平息地水火風四大元素的不協調；依『究竟上』的功德利益而言，此祈願文實為成佛的捷道。
普賢王如來祈禱文，這是由無上瑜珈密裡面選出來的，祈禱文裡面，會對所有佛法實相有很深的解釋。普賢王如來示現了很多法、很多事。他本身表示一尊佛，同時也表示了我們每一個人的自性。所以，這篇祈禱詞可以說是 普賢王如來的祈禱詞，也可以說這個祈禱詞是由寫這個祈禱詞的人所來祈禱的。
因為 普賢王如來就是表示我們一切眾生的本性，這篇祈禱詞也可以說是我們對自己內心之自性的祈禱。
法界輪涅諸幻相，一根二道成二果，覺與無明所變現， 由我普賢廣大願，
令一切於法界宮，現前證得佛陀位，真如體性本無為， 法爾廣大不可思，
輪迴涅槃名原無，明了法爾即佛陀，眾生無明輪迴轉， 普願三界有情眾，
斷惑圓證真實義，我普賢王如實說，真如實際離因緣， 空性圓具本覺智，
內外增減過犯無，失念黑暗心垢離，體性明空無過染， 本覺清淨原安住，
三界毀壞亦無畏，不著貪欲五濁塵，自顯無別自然智， 本淨無色無五毒，
自性明照未嘗礙，清淨自性即五智，於此五智成熟中， 生起五方原始佛，
智慧增廣進詣時，生起文佛四十二，由顯五智威光力， 升起六十飲血尊，
本體元明未嘗迷，我是原始本初佛，由我清淨廣大願， 輪迴三界有情眾，
了知自然本覺智，直至圓滿大智慧，剎那無間我幻變， 化身等流百俱胝，
應由有求善調伏，由于我之悲願力，三界輪迴有情眾， 六道苦處悉解脫
迷諸惑幻無始眾，由不正知失本明，由失正念住黑暗， 彼即無知顛倒因，
從彼驚恐悶絕中，念動甦醒生怖畏，自他貪瞋起執持， 習氣薰染漸增長，
隨行習性逐生死，五陰熾盛苦惱逼，滋生無間五毒業， 成為眾生惑幻因，
即不正知與失念，由佛所發大願力，皆自了知明覺性， 俱生無明蔽本覺，
生起失念散亂心，分別無明逐塵境，分立自他二執取， 俱生分別二無明，
即是眾生顛倒因，由佛所發大願力，令諸輪迴有情眾， 消除失念黑暗坑
清淨能所二妄執，了知本具自明性，心著二執起猶豫， 形成微細貪著心，
習氣薰染漸增長，於衣食伴侶財處，以及五欲親眷等， 貪著欲樂熾熱惱，
彼令世間惑幻生，由是二取業無盡，貪嗜果報成熟時， 生貪欲惱餓鬼中，
常受難忍饑渴苦，由佛所發大願力，普令貪欲諸有情， 不捨外來貪欲境，
不取內生貪著根，如如安住自明覺，自心覺了寬坦住， 轉成妙觀察智道，
外境所顯諸幻相，念動微細怖畏生，從此增長瞋習氣， 忿起怨敵殺害心，
瞋恚果報成熟時，長受地獄苦煎熬，由佛所發大願力， 令趣六道諸眾生，
瞋恚猛烈生長時，自心放鬆莫取捨，任持安住自明覺， 轉成大圓鏡智道，
由於自心高舉起，於他生起憍慢心，如是猛烈勝憍慢， 自他欺淩而苦惱，
彼業果報成熟時，暫生天道報盡墜，由佛所發大願力， 令憍慢心諸眾生，
覺了自心寬坦住，任持安住自明覺，轉成平等性智道， 由二執薰染習氣，
自讚毀他痛苦業，增長鬥爭疑妒心，投生殺戮非天處， 果墮泥犁地獄中，
由佛所發大願力，嫉妒鬥爭生起時，莫起怨敵心鬆坦， 任持安住自明覺，
轉成成所作智道，不正念捨及散亂，有藏惛沉和妄念， 惛睡懈怠愚癡者，
果感畜生無依怙，由佛所發大願力，令心愚癡黑暗者， 發露淨心住正念，
轉成法界體性智，三界所有諸眾生，真如體性與佛等， 失念故成顛倒因，
無間造諸無義業，猶如夢幻趣六道，我是最初普賢佛， 化身調伏六道眾，
我普賢王廣大願，令諸眾生一無餘，無盡法界成正覺， 具慈瑜珈大力者，
了知自明離惑幻，已發如是廣大願，聞持此願諸眾生， 於三生內必成佛，
或於日月蝕時日，風暴雷發地動變，或於冬夏至年節， 發心自修為普賢，
與眾虔敬誦此願，令諸三界有情眾，由彼瑜珈行者願， 滅苦解脫生死海，
獲證究竟佛陀位。
願共道彼岸乘金剛乘，無上教法護持並宏揚！
上師蓮花生密意傳承，永恆住世如意吉祥！
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